Ten futurystyczny budynek, którego zewnętrzne lustra odbijają się w perspektywie zamku i Wisły, został umieszczony pod egidą fundacji Kyoto-Kraków, utworzonej z inicjatywy reżysera Andrzeja Wajdy i jego żony Krystyny Zachwatowicz. Reżyser zwrócił się do Japończyka Arata Isozaki w celu realizacji tej konstrukcji. Muzeum przedstawia japońską kulturę w ramach bogatych ekspozycji, na przemian udostępniając kolekcję pisarza Feliksa "Manggha" Jasieńskiego, przekazaną Muzeum Narodowemu w Krakowie w 1920 r.