Kolekcje przedstawiają życie rzeczne i portowe w Gdańsku oraz życie morskie na wybrzeżu Bałtyku, od początku do dnia dzisiejszego. Muzeum mieści także Galerię Morską zawierającą ciekawą ekspozycję malarstwa marynistycznego. Na nabrzeżu zwiedzić można statek-muzeum Sołdek, pierwszy polski statek, który opuścił stocznię w 1948 r.